癫痫是最常见的儿童神经系统疾病,常常伴随着认知及行为障碍等共病。近年来,有研究提示拷贝数变异(copy number variation,CNV)与癫痫发病有着密切的联系。在本研究拟研究新生的大片段缺失是否是导致小儿癫痫伴智力障碍的一个致病因素。我们运用基于芯片的比较基因组杂交技术(assay comparative genomic hybridization,aCGH),对北京大学第一医院儿科临床收集的96位癫痫伴智力障碍的患儿进行定制的癫痫相关染色体区域的大片段缺少检测。此定制的aCGH检测芯片是我们自行设计的,基本覆盖全基因组,并在已知与癫痫和智力障碍相关的320个基因和染色体热点区域具有较高的探针密度,这种设计使得此aCGH芯片在癫痫相关的染色体区域,可以检测比目前商业全基因组aCGH芯片更小的CNV。通过aCGH检测,我们在96名患儿中检测出8个患儿(占所有病人的8.3%)的基因组中存在1个或2个大片段的缺失(大于500 Kb)。在一共发现的9个大片段的缺失中,最大的缺失为11 Mb,最小的缺失为893 Kb,平均长度为3.5 Mb。这些缺失位于2q33.2-q34,5q33.1-q34,22q11(在此区域存在2个相同的缺失),22q11,17p13.2,5q13.2(在此区域存在2个相似的缺失)。通过进一步验证这些患儿的父亲和母亲的基因组,发现这些缺失性CNV均是新生的(de novo),提示这些大的新生缺失性CNV可能是癫痫伴智力障碍发病的重要致病性遗传变异。
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