[1]上海交通大学医学院附属新华医院儿科
[2]上海市公共卫生临床中心病原体检测和生物安全部
目的:分析2014年上海地区手足口病患者中肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)的全长基因组序列,了解上海地区EV71流行株的序列特征,推测与致病力相关的毒力基因位点。方法:收集上海交通大学附属新华医院2014年1月至12月临床诊断为手足口病的436例患者的临床资料和咽拭子标本。采用实时荧光PCR方法检测通用肠道病毒和EV71型,选取部分核酸阳性标本进行全基因片段扩增和测序,构建全长和3''非编码区(untranslated region,UTR)基因序列进化树,并与EV71的BrCr原型株、柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CA4)、CA14、CA16原型株和其他肠道病毒A组原型株进行各编码区核苷酸同源性比较。另外,结合GenBank数据库中代表株,比较轻症、重症和死亡组的氨基端序列,寻找差异位点。结果: 436例手足口病患者中,EV71核酸检测阳性123例(28.21%)。对13个EV71检测阳性标本病毒的全长基因序列和3''UTR序列进行系统进化树分析,发现2014年上海地区EV71流行株为C4a亚型,3''UTR序列与CA4、CA14和CA16原型株序列相近。结合GenBank数据库中代表株,比较EV71轻症、重症和死亡患者的氨基端序列,发现159个蛋白氨基酸序列差异位点,其中Q230L(VP2)、I1054V(2B)、V1508I(3A)、V1662I(3C)等4个位点差异有统计学意义(x2值分别为8.82、6.09、6.09、6.09,P值分别为0.012、0.048、0.048、0.048)。结论:2014年上海地区的EV71 C4a亚型流行株3''UTR区与CA4、CA14和CA16型存在重组,位于VP2结构区的230位可能是与致病力相关的毒力基因位点。
(8.0+极速模式)