目的：比较手足口病患者咽拭、肛拭标本中肠道病毒检出率是否有差异。了解不同的标本采集时间的肠道病毒检出率。方法：对上海市静安区2010～2011年的临床诊断手足口病例175例分别采集咽拭和肛拭标本,进行实时荧光RT-PCR检测柯萨奇病毒A16型(CA16)、肠道病毒71型(EV71)和肠道病毒属其他病毒(EV).同时根据175对咽拭和肛拭标本Real-time RT-PCR检测结果按照标本采集时间进行分析。结果：用McNemar检验比较两种标本检测结果的差异,EV71和EV在咽拭子和肛拭子两种标本检测结果有差异,P值均＜0.05,CA16在两种标本中的检测结果无显著差异。应用Kappa检验,Kappa值均＞0.4,显示咽拭子和肛拭子的检测结果基本一致。根据配对标本检测EV71、CA16、EV结果与标本采集时间进行分析,对于EV71来说,咽拭标本在发病后3天、4～11天均可检出阳性,而CA16、EV在发病3天后都无法检出阳性。结论：肛拭标本总体阳性率高于咽拭标本。EV71在呼吸道带毒持续时间长于CA16和肠道病毒属病毒。肠道病毒可能在发病2天内在咽部大量繁殖扩增,此时通过呼吸道传播的可能性较大。
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