目的 调查一起由脓肿分枝杆菌感染引起医院暴发的原因,并验证防控措施有效性,为有效控制脓肿分枝杆菌引起的医院感染提供科学依据。方法 对2021年9月27日-10月1日普陀区天佑医院同一病房发现4例疑似肺结核患者进行流行病学调查、密切接触者筛查、实验室检测、健康宣教,并采集环境样品32份开展病原菌分离培养和宏基因组二代测序(mNGS),在疫情处置的同时进行消毒指导。结果 对4例疑似肺结核患者支气管灌洗液进行痰涂片检查、分枝杆菌培养、GeneXpert检测和mNGS,4例患者中有3例脓肿分枝杆菌培养阳性,而mNGS显示所有4例患者的脓肿分枝杆菌的测序结果均为阳性;32份不同来源的环境样品的脓肿分枝杆菌mNGS分析结果均呈阴性;对16例密切接触者开展症状筛查、胸部影像学检查、痰液检测并随访检测一年,结果均为阴性。在加强通风设施、呼吸机管路及支气管镜的消毒等一系列感染控制措施后,随访一年无续发病例报告。结论 此次医院感染暴发是由脓肿分枝杆菌引起,分析原因其来源于环境的可能性大。mNGS可以捕获到特殊的病原体,在识别医院感染暴发中发挥重要作用。